Từ nhiều năm trước đã tồn tại một câu lạc bộ nghiệp dư, Niigata 11, đội chưa từng một lần thi đấu tại giải Japan Soccer League cũ nơi chiếm ưu thế bởi các đội bóng doanh nghiệp. Sau sự ra đời của J. League đã thúc đẩy câu lạc bộ vươn lên, trong những năm 1990 đội bắt đầu leo lên nhanh chóng tại các hạng đấu.[1]

Năm 1998, Albirex Niigata tham dự Japan Football League, và tham dự J2 league sau khi giải đấu được ra đời năm 1999. Đội dần dần trở nên là một đối thủ cạnh tranh, trong năm 2001 và 2002 đội gần được lên J1 và đến năm 2003,[2] đội vô địch J2 và cuối cùng thì cũng được thi đấu tại hạng đấu cao nhất.

Tên của đội được kết hợp từ tên ngôi sao Albireo của chòm sao Cygnus (Thiên nga) và từ Latin Rex có nghĩa là 'vua'.[3] Năm 1997, do bản quyền, đội đổi tên từ Albireo Niigata thành tên như hiện tại Albirex Niigata.

Năm 2007, màu áo của câu lạc bộ được thay đổi. Cho tới năm 2006, màu áo của họ là cam – xanh dương – cam, nhưng từ 2007 màu áo là cam – cam – cam. Điều đã không được thông qua năm 1996 khi câu lạc bộ lên chuyên.

Tên câu lạc bộ

• Niigata Eleven SC (Câu lạc bộ bóng đá) (1955)
• Albireo Niigata FC (1995)
• Albirex Niigata (1997)